Podkrakowska miejscowość Sidzina należała niegdyś do parafii Świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza w Skawinie. W 1973 roku, kiedy Sidzina stała się częścią Krakowa, pojawił się zamysł utworzenia oddzielnego ośrodka duszpasterskiego.
23 kwietnia 1978 r. poświęcono nowy, drewniany krzyż, który zastąpił ten zabytkowy, stojący od 1937 r. na rozdrożu, a na parceli Stanisława Zielnika, przy skrzyżowaniu ulic Mieczysława Wrony i Edwarda Warchałowskiego, wzniesiono niewielką kaplicę, wprowadzając w Sidzinie stałe duszpasterstwo.
Już w maju i w czerwcu tego roku Msze święte w niedziele i święta były odprawiane pod krzyżem, a od lipca w kaplicy, którą wybudowali miejscowi parafianie. Kaplica mogła jednak pomieścić zaledwie kilkadziesiąt osób, zatem pojawiła się potrzeba budowy kościoła.
29 czerwca 1984r., w uroczystość świętych Apostołów Piotra i Pawła, odczytany został dekret erekcyjny Ośrodka Duszpasterskiego w Krakowie – Sidzinie. Ośrodek ten został wydzielony z parafii Świętych Apostołów Szymona i Judy w Skawinie, a pierwszym duszpasterzem, skierowanym z misją tworzenia duszpasterstwa, został ks. Janusz Orawiec.
20 września 1984r. Jego Eminencja Ks. Kardynał Franciszek Macharski, Arcybiskup Metropolita Krakowski, dokonał uroczystego poświęcenia i wmurowania kamienia węgielnego pod nowy Dom Boży pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Świętego. Mieszkańcy osiedla wraz z ks. Januszem natychmiast rozpoczynają prace zmierzające do wzniesienia nowej świątyni. Działania związane z budową trwają jednak kilka lat.
3 maja 1986 Jego Eminencja kard. Franciszek Macharski erygował parafię Podwyższenia Krzyża Świętego w Krakowie‑Sidzinie
Pierwszym proboszczem został mianowany dotychczasowy duszpasterz ks. Janusz Orawiec. W tym samym roku, 10 sierpnia, Ksiądz Kardynał dokonał poświęcenia nowo wybudowanego kościoła.
Od 29 czerwca 1989 roku do 30 czerwca 2020 roku proboszczem w Krakowie-Sidzinie był ks. Stanisław Raczek. Od 1 lipca 2020 roku parafią kieruje ks. proboszcz Piotr Wiktor.
Teren parafii, z racji dogodnej lokalizacji, jest dziś uważany za bardzo atrakcyjny, dlatego w Sidzinie następuje wyraźny wzrost liczby budowanych domów.
Dziś parafia liczy ponad trzy tysiące mieszkańców, a liczba ta stale wzrasta.
RELIKWIE ŚW. JANA PAWŁA II W NASZEJ PARAFII
W niedzielę 26 października 2014 roku, miało miejsce uroczyste wprowadzenie do naszej świątyni relikwii św. Jana Pawła II, które ofiarował naszej parafii Ksiądz Kardynał Stanisław Dziwisz Metropolita Krakowski i Jego wieloletni sekretarz. Głównej uroczystości na Mszy św. o godz. 10.00 przewodniczył ks. prof. dr hab. Jan Machniak, scholastyk kapituły św. Floriana i św. Jana Pawła II w Krakowie.
